Мои 5 копеек:
Дмитрий, Перес действительно от имени Пере, то бишь Педро. А в каталонском языке оно так и существует до сих пор.
Вот эти фамилии с суффиксом -ez (Мартинес, Энрикес, Эрнандес и т.д.) как раз и можно назвать самыми исконно-испанскими.
Что касается фамилий, которые, как Вы говорите, странны для нашего восприятия и часто являются названиями бытовых предметов в единственном или множественном числе, так многие из них появились в период Реконкисты. Одним из условий, поставленных Католическими Королями перед мусульманским населением, было (наряду с признанием вер, языка и традиций) принятие испанских фамилий. Таким образом многие арабские семьи просто взяли в качестве фамилии названия бытовых предметов, окружающего рельефа и т.д. Совершенно точно, например, что таким образом произошли фамилии Торрес (башни), Меса (стол) и многие другие.
Теперь насчет -es или -ez: фамилии со значением "сын такого-то" всегда писались с суффиксом -ez, а фамилии о значением мн.ч. предметов - с окончанием -es. Путаница возникла после колонизации ЛА. Поскольку межзубные звуки в латиноамериканских вариантах быстро утратились, в глазах простого населения испанское "ceceo" (произнесение всех межзубных звуков) выглядело весьма важно, а грамотных было не так много, то записывать стали как попало. Так и появились Mesa и Meza, Días и Díaz, Cortés и Cortez.